Durante el lapso en que los cuatro miembros de la Junta permanecen encarcelados en McNeil (julio de 1912 a enero de 1914), las dificultades económicas del grupo se intensifican, al extremo de que en ocasiones no es posible publicar el periódico. La situación económica se agravó aún más cuando Rafael Romero Palacios, quien tenía a su cargo la administración del periódico, lo desfalcó. Al ser descubierto, Palacios, abandona el periódico y, en compañía de otra colaboradora, Francisca Mendoza, deja la ciudad.

A principios de 1913 Rómulo Carmona Robledo, entonces suegro de Enrique Flores Magón, y Juan Francisco Moncaleano, anarquista colombiano fundador de la Casa del Obrero Mundial en la ciudad de México, promueven la idea de trasladar las oficinas de Regeneración a un edificio de ladrillo sito en la calle Yale. El nuevo local es muy amplio y cuenta con salón de actos y habitaciones para alojar invitados. Ahí se establecerá una Casa del Obrero Internacional, que si bien es saboteada por la sección latina de la Industrial Workers of the World, será frecuentada por la comunidad mexicana de Los Ángeles. Moncaleano y Carmona proponen comprar el edificio y adquirir una imprenta para el periódico y de ese modo tomar el control político sobre la organización y su prensa, por la vía de adueñarse de la infraestructura material en que se sustenta: local e imprenta. Sin embargo, Moncaleano no logra que los presos le envíen los poderes necesarios. El resultado es la ruptura política entre la junta y la mancuerna Moncaleano, Carmona; la ruptura familiar entre Enrique y su esposa Paula y el regreso de Regeneración a su modesto local en la calle de Boston. La historia de la Casa del Obrero Internacional es efímera: poco después de su fundación, el periódico del general Harrison Gray Otis, The Los Angeles Times desarrolla una fuerte campaña en contra, llamándola “nido de ratas subversivas de filiación roja furibunda”. Posteriormente los inspectores del Departamento de Bomberos declaran el local inadecuado por no ofrecer garantías contra incendios. Cuando Regeneración regresa a su antiguo domicilio, Carmona conserva el local por unos meses y finalmente, lo abandona.