En compañía de su hermano Enrique y del veracruzano Santiago de la Hoz, Ricardo asume la dirección de El Hijo del Ahuizote, arrendado a su fundador y director, Daniel Cabrera. Bajo el seudónimo de “Escorpión”, Ricardo reseña la disolución de los clubes liberales de San Luis Potosí por órdenes de Bernardo Reyes. La represión no se hace esperar, el 12 de septiembre de 1902, Ricardo y Enrique son arrestados junto con Evaristo Guillén y Federico Pérez Fernández, y el equipo de impresión y oficina de El Hijo del Ahuizote son confiscados. El arresto fue efectuado por el juez tercero militar, su secretario y algunos gendarmes. Fueron llevados al cuartel del 24 Batallón de Infantería, ubicado en la calle de San Ildefonso y remitidos a la cárcel de Santiago Tlatelolco por la madrugada. El 23 de noviembre El Hijo del Ahuizote reaparece, esta vez dirigido por Juan Sarabia. A fines de enero de 1903 Ricardo, ya libre, se reincorpora a la redacción del periódico. El 5 de febrero, como un acto paralelo a las festividades oficiales, los redactores se toman una foto en el frontispicio de las oficinas adornadas con símbolos de luto y con la leyenda: “La Constitución ha muerto”.

En febrero de 1903 en torno al periódico se aglutinarán los miembros del club liberal “Ponciano Arriaga”, quienes reprimidos en San Luis Potosí, encuentran refugio en la Ciudad de México, donde reinstalan el club a mediados del mismo mes. Pero el 16 de abril de 1903 la policía invade las oficinas de, siendo arrestados Juan Sarabia, Ricardo y Enrique Flores Magón, Alfonso Cravioto y Santiago R. de la Vega, bajo la acusación de ultrajes a los agentes de la autoridad, todos ellos eran firmantes del Manifiesto Antirreeleccionista del 11 de abril. El 9 de junio, un fallo judicial prohíbe la circulación de El Hijo del Ahuizote y la de cualquier periódico con colaboraciones de Ricardo Flores Magón, Juan Sarabia y otros.