A partir de abril de 1920, una vez que su salud empeora, escribe cientos de cartas en busca de su libertad: “[…] no veo razón para que nosotros, prisioneros de guerra, quedemos en cautiverio más tiempo. Creo que es una crueldad innecesaria e infructuosa conservarnos encerrados […]”. Pero todo movimiento fracasa. Para julio de 1920, la Liga de Defensa de Presos Políticos se interesa por su caso, a partir de que pide ser tratado por un oculista. Llegan los ecos a México y el gobierno de Álvaro Obregón busca entrar en contacto con él. El resultado es contraproducente, la gente supone que recibe dinero de ese gobierno y se desinteresan de su caso. Tampoco es tomado en cuenta para la amnistía que el gobierno norteamericano declara en diciembre, pero por decisión propia: se negaba a declarar su “arrepentimiento”.

En junio de 1921, escribe al cónsul mexicano en San Luis, Missouri: “La idea del Gobierno Mexicano de gestionar la libertad de todos los mexicanos que se encuentran presos en los Estados Unidos para el próximo septiembre, Centenario de la Independencia nacional, es muy generosa. Yo no puedo, a pesar de esto, alimentar la ilusión de mi libertad, pues las fuerzas del Dinero son las interesadas en tenerme aquí prisionero hasta mi muerte, pero tengo la confianza de que muchos miles de trabajadores mexicanos que están sufriendo en las prisiones americanas y de los cuales la mayor parte son únicamente víctimas de su ignorancia de la ley, de su miseria, o del prejuicio con el cual en muchas ocasiones se trata a las personas de nuestra raza, se beneficiarán de los esfuerzos del Gobierno Mexicano”.

Finalmente, el médico externo al que pide y logra que lo examine, semanas antes de su muerte, se alinea con las autoridades carcelarias que hicieron todo por negarse a aceptar que la salud del preso empeoraba.

Sus únicas visitas eran las de las activistas de grupos de apoyo a presos políticos como Lily Sarnoff. Era el encargado de la biblioteca de la cárcel y en ella escribió: “El futuro de nuestros sueños es cierto; se llegará a él, no tanto por el lisiado sentido del honor de parte de los oprimidos, sino por la ultraestupidez y codicia ilimitada de los opresores”.

Ricardo Flores Magón muere en su celda de la cárcel Leavenworth. Según el parte oficial, la causa del deceso fue ataque cardiaco por angina de pecho y la hora exacta de la muerte, las 4:15 a. m.

“Chicago. julio 16. Harrison George, prisionero político que acaba de salir de la cárcel de Leavenworth, ha dicho que se cree que el jefe  laborista Ricardo Flores Magón, fue muerto violentamente, y que la agresión se efectuó detrás de los muros de la cárcel citada”.